Das heutige Fleetschlösschen wurde Ende des 19. Jahrhunderts als zweites Gebäude des Speicherstadtkomplexes in der für die Ensemble typischen neugotischen Bauweise direkt am Fleet erbaut. Es verfügt über einen direkten Wasserzugang; drei Säulen bilden die Basis des Gebäudes.
Das Gebiet gehörte damals zum Freihafen Das Fleetschlösschen diente zunächst dem Zoll als Dienstgebäude, um die Schuten zu kontrollieren und die Waren zu registrieren, die aus den Großseglern zu den Speicherböden der Kaufleute transportiert wurden.
Als der Großteil des Hafens auf die südliche Elbseite verlagert wurde, konnte das Haus eine neue Nutzung erhalten und wurde von der Hamburger Feuerwehr als Brandwache genutzt. Später diente das Gebäude erst als Toilettenhäuschen, dann als Kaffeeklappe für die Hafenarbeiter.
Die hellen Steine in der Fassade zeugen von Ausbesserungen nach Bombardierungen im Zweiten Weltkrieg dem die St.-Annen-Brücke und zahlreiche Speicher zum Opfer fielen.
2004 wurde der Lagerhauskomplex „Speicherstadt“ durch die Verlegung der Freihafengrenze zollrechtliches Inland und somit eine zivile Nutzung des Gebäudes möglich. Seit demselben Jahr wird das Gebäude als „Fleetschlösschen“ gastronomisch genutzt.
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